由于元朝統治者實行“四等人制”，“色目人”兼容了各種文化基因，被元政府任用為社會的管理階層，如負責征收稅賦、管理城市之類。朱元璋執政時，要求色目人必須與其他民族通婚。

在法律文書上規定：“色目人氏，既居中國，許與中國人家結婚姻，不許與本類自相嫁娶。”而且，朱元璋還“引進”了伊斯蘭教，循序漸進地來替代回族之前的信仰“明教”即波斯摩尼教，并修建了南京凈覺寺，以供回族人士進行宗教活動。

在朱元璋的推動下，“色目人”進一步與漢民族融合，吸收了漢族的文化傳統，使其更加發展壯大。這一推動民族融合的政策，反映了特定時代的政治需求。但是明朝的皇帝并非都有朱元璋這樣的視野與胸懷，能夠真正地認識到一個民族的興起并對其予以寬容。

色目人(「各色名目之人」)是元代時對來自中西亞、西亞洲、和歐洲的各民族的統稱，也是元代人民的四種位階之一，廣義上的來講，一切除蒙古、漢人、南人以外的西北民族都算是色目人。

包括被蒙古人征服并帶入大蒙古國的突厥人、粟特人、吐蕃人、黨項人、契丹人、波斯人(花拉子模人)、阿拉伯人、猶太人、基督徒以及斯拉夫人等。其中中亞突厥人最高(人口最多)，波斯人次之。

色目人后來經歷蒙古人，畏兀兒與漢人大規模混血形成回族、撒拉族等少數民族的最早來源，并成為后來的回族。按照元朝的種群分類，在元代的社會階層之中，色目人的地位在蒙古人之下，漢人和南人之上。元太祖成吉思汗西征時，色目人賽典赤·贍思丁率領千騎迎降，太祖以「賽典赤」稱呼。元代重用色目人，入居漢地關中的色目人，多高官厚祿，鉅賈大賈。

元朝政府雖沒有組織過任何形式的民族成份辨別活動，但卻將不同時間所征服的地域人群籠統劃分為四個群體：蒙古人、色目人、漢人和南人。所以“色目”一詞有時指西域人，有時也指蒙古人。日本學者旁公田善之認為在元代戶籍制度上并沒有蒙古、色目、漢人、南人四個并列的分類方式。

“四等人制”，是元朝統治者為維護對漢族和其他少數民族的統治，實行民族歧視政策，所建立的制度，蒙古人作為統治民族列為第一等級。其次根據所征服地區民族的時序，又依次分為色目人、漢人、南人三個等級。并認為四等人的政治待遇有所區別，在任職、科舉、刑律等方面，均有不同的待遇。

“四等人制”一詞最早是由民國學者屠寄在《蒙兀兒史記》中提出的，屠寄曾是清朝官員為清朝寫史。雖然學術界迄今并沒有發現元代實行過四等人制的法令，但這種劃分卻反映在一些政策和規定中。漢人和南人如當兵則不許充宿衛，如當官也往往只能做副貳。僅有如呂文煥、史天澤、賀惟一等個別漢人高官。

從元朝的一些政令和律令看，蒙古人在法律上享有特權，而漢人和南人在法律上、科舉上其實根本沒有區別，漢人可能在選任、提拔某些地方官員時，獲得信任相對較多，會比南人有一些微弱的優勢。

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