明朝末年碰上了鼠疫明軍死傷無數，為何入關清軍卻安然無恙呢?明末鼠疫雖然來勢兇猛，但據史料記載，當時在京城的致死率是20%(一說為40%)左右(“十室九空”并非指全家死絕，更多的是舉家逃走避難)。也就是說，多數人(包括患病后又痊愈)經過殘酷的“自然選擇”，還是生存了下來。
實際上，明末從萬歷年間就不斷爆發區域性鼠疫，只是沒有大范圍擴散罷了。但隨著小冰河氣候所引發的旱災越來越頻繁和嚴重，加上當時稅賦勞役負擔也越來越重，導致百姓體質和抵抗力下降、官府防疫抗災能力(包括意愿)不足，單一地區發生的鼠疫很快隨著流民、農民軍和遷徙鼠群被傳染轉移至其他地區，疫情由此急劇擴大，最終徹底失控。
換個角度來講，只要措施得當，即便在明末那樣的亂世也能有效控制疫情。史載，福建一名醫在京城用“刺血法”(放血療法)治療鼠疫有奇效，每天排隊上門求診者多達萬人(由于鼠疫對部分特定人群具有極高致死率，能夠堅持下來得到救治的患者都屬于體質比較強的)。現代醫學研究表明，“刺血法”的原理在于通過對人體穴位進行反射刺激，促使淋巴細胞短時間內激增，從而徹底摧毀潛藏的病毒釋放源，說白了就是用極端方法“激活”人體的免疫機制。
還有就是隔離，除了把患者單獨關“小黑屋”和及時將死者尸體運出城妥善處置(這項工作甚至比救活人更重要)之外，大量百姓(多數是有免疫力的)外逃也讓京城人口密度降了下來，從而進一步減輕了傳染烈度。史載，崇禎十六年10月之后，京城鼠疫疫情就逐漸得到控制(嚴寒冬季也發揮了很大作用)，到來年4月李自成大軍打到城下時，京城疫情已基本上過去，只不過后遺癥導致明朝守軍體質羸弱，已無心更無力抵御農民軍的進攻。
至于清軍，更是占了身處關外苦寒之地、遠離中原疫情重災區的“光”。清軍大舉入關并擊敗農民軍進占京城之際，肆虐關內達10年之久的鼠疫已經落幕，而明王朝卻在內外交困中崩塌，從這個意義上來講，清軍則趁勢“摘桃子”取天下，這就是歷史的吊詭。
鼠疫可以直接導致一個朝代的滅亡，明朝就是一個鮮明的例子。明崇禎年間爆發的鼠疫，從西北蔓延到全國，造成了上千萬人口的死亡，僅京師一城就喪失了20萬以上的人口，大約占當時城中人口的四分之一，這在古代是難以想象的。這使得明朝后期的軍隊根本沒有能力同李自成和入關的滿清軍隊戰斗，明朝覆滅也就是必然的事情了。
鼠疫發生之后，加上明后期連年干旱，田地顆粒無收，農民已經沒有辦法再生存下去了。鼠疫隨著起義軍到處肆虐，帶有鼠疫病毒的老鼠因為天氣干旱大量繁衍，沒有了黃河水的阻隔它們很輕松的進入明朝腹地，所到之處十人死之五六，橫尸遍野，哀聲無數。京師沒等李自成起義軍到來，就已經成為一座死城了。“十室九空，甚至戶丁盡絕”，本來守城的十萬精銳，已經被鼠疫折騰的只剩一半傷病殘將，毫無戰斗能力。
鼠疫發生在明朝最后一任皇帝崇禎帝時期，崇禎算是明后期一名比較賢能的皇帝，在位時提倡文武百官勤儉節約，自己也肅清奸黨，勤政廉政，為大明由衰轉盛作出很大的努力。如果沒有這場鼠疫，明朝軍隊至少不會不攻自破，不會讓清軍如此輕易的攻破城池，像李自成這樣的底層農民大概率還是安分守己搞生產，不會動起義的心思。
一定程度上說，明朝不是敗給了李自成和滿清，而是輸給了這場蔓延數年的鼠疫災害。在古代沒有鼠疫專用藥，也不可能接種疫苗，人在鼠疫面前不堪一擊。要知道只有十萬的清軍能夠輕松入關，可不僅僅是吳三桂從中作梗，明朝因為天災而造成的非戰斗減員可能是更加致命的因素。
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