史學界普遍認為，明朝末年那場席卷華北地區的鼠疫，是壓倒明朝的最后一根稻草，尤其是上海交通大學歷史學系教授曹樹基與李宇尚提出“老鼠亡明”的觀點后，這一觀點更加深入人心，為更多的人所接受。
據史料記載，明朝末年旱災頻發，僅萬歷期間就發生過三次大旱災，每一次都引發過鼠疫，崇禎十四年的那場大旱，更是歷時四年之久。
旱災造成的直接結果是出現大量逃荒的難民，人沒吃的，老鼠也沒吃的，也要逃荒保命，隨著難民到處遷徙，寄生在老鼠身上的鼠疫桿菌，就這樣傳給了難民，傳播到了更廣闊的區域。
1644年明末形勢
有人曾目睹過這樣一幅駭人的景象：崇禎十四年夏天，在內陸地區突然出現大群大群的老鼠，它們互相咬著對方的尾巴，視死如歸地渡過大江大河，進入安徽河南河北等地。
大旱加上寒冷(隨著萬歷四十六年廣東的一場大雪，明朝遭遇了一個“小冰河期”)，糧食減產非常嚴重，餓得難受的災民先是挖老鼠洞穴中的糧食來吃，接著又吃老鼠的尸體，終于導致鼠疫大暴發。
恐怖的景象首先是從山西開始的——“萬歷八年，大同瘟疫大作，十室九病，傳染在接踵而亡，數口之家，一染此疫，闔門不起”。
大同首當其沖之后，疫情很快擴散至山西全境，接著向周邊省份傳播，崇禎十年傳到了陜西米脂，也就是李自成的家鄉。
鼠疫給米脂帶來的慘景，并不亞于大同，病者先是腋下和大腿間生一個硬包，然后吐血而死，服藥無效，親友們即使有活著的，也不敢問吊，有人一家死絕，無人收葬。
崇禎皇帝，朱由檢(1611年—1644年)
據《明史》記載，崇禎十四年，鼠疫傳到北京大名府。
那年春天開始，大名府就沒下過一滴雨，地里的麥苗被蝗蟲吃光，加上鼠疫大行，餓死人無數。
督催漕運的戶部給事中左懋第心急如焚，在途中給朝廷上疏說，他從靜海抵山東臨清，見人民餓死者三成，因瘟疫而死者三成，剩下的四成只好為盜，米價瘋長，一石米竟然要二十四兩銀子，人死后馬上就成了活人的食物。
當年七月，北京在劫難逃。
在北京，鼠疫引起的病癥叫“疙瘩病”，人身上一旦出現一塊隆起的肉就沒救了，活不過一個時辰，北京人因此而死的達十分之四五。
這是夏秋兩季的情景，到了春天情況更為嚴重，發病癥狀是嘔血，一嘔就死，有的一家數口全部死絕。
沒多久，瘟疫又傳到了天津，很多人早上染病晚上就死了，“排門逐戶，無一保全”。
明末農民起義
崇禎十六年，疫情進一步加劇，北京及周邊地區同時大爆發，“病者吐血如西瓜水立死”，北京城中每天死亡人數超過萬人，運送棺材出城的隊伍把城門都堵了，通州和昌平等郊區的疫情也大同小異——“見則死，至有滅門者”。
北京城死者當中不但有大批的小販、雇工，還有大批士兵，甚至連叫花子都死得一個不剩。
朝廷不但未采取有效的防治措施，還變本加厲地增加賦稅，各地民變便不可避免地爆發了，其中最著名的一支起義隊伍，其領袖就是地球人都知道的李自成。
雖然早在崇禎二年，李自成就因其他原因參加了農民軍，但他后來能夠輕而易舉地占領北京，不能不說那場鼠疫幫了他的大忙。
李自成的五十萬大軍，是于崇禎十七年四月十六開到北京城外的，那時的北京城，已經被鼠疫折磨了一年多，迎接他的，是早已元氣大傷的一座“空”城。
李自成起義圖
守衛京師的雖然有三大營的軍隊，但士兵因鼠疫死亡過多，已徹底失去野戰能力，原有的近三萬匹戰馬，還能騎乘的竟然不到一千匹，據守內外城墻十五萬多個垛口的，是區區五萬羸弱的士兵，平均一個士兵要守三個垛口。
這些士兵，都是大疫之下僥幸活下來的，“衣裝狼狽，等于乞兒”，而且像是十天半月沒吃飯的乞兒，虛弱得只能坐在地上，以至于用鞭子抽都抽不起來。
實際上，李自成的農民軍雖然聲勢浩大，人數眾多，但戰斗力卻不怎么樣，多次被官軍打得滿世界亂跑，尤其是不久前的那場寧武關大戰，李自成雖然最終贏了，卻被守軍周遇吉的區區數千人干掉七萬多人，以至于李自成想打退堂鼓，“寧武雖破，死傷過多，自此達京師，大同、宣府、居庸關重兵數十萬盡如寧武，吾輩豈有孑遺哉，不如還陜圖后舉”，若不是攻下寧武關后大同總兵姜瓖主動投降，恐怕他真的退回陜西老巢去了。
李自成(1606年9月22日—1645年5月17日)
如果不是這場鼠疫把北京整得這么慘，李自成能順利拿下北京嗎?
當時的北京守軍，一是鼠疫導致數量急劇下降，從十萬驟降至五萬，戰斗力更是無從談起，二是軍隊腐敗嚴重，軍心渙散，以至于當官的不得不低聲下氣地求他們守城，仍然“逾五六日尚未集”，愿意守城的士兵，還不如三四千“勇敢”地走上城墻的太監。
然而，盡管北京守軍到了如此狼狽的程度，李自成的五十萬大軍也是打了兩天才把北京搞定。
他的軍隊之所以能夠如此迅速地抵達北京，也是拜這場鼠疫所賜，若不是鼠疫間接地摧毀了明朝其他地方的防御系統，這支更多由各地災民組成的“烏合之眾”，恐怕連北京的邊邊都摸不到——正如李自成自己所說，假如大同、宣府、居庸關的明軍也像寧武關守軍那么能打，他的幾十萬大軍，恐怕一個也剩不下!
北京倒是拿下了，李自成也如愿以償地住進了紫禁城，然而短短數十天，他就于稱帝的第二天退出了北京。
原因是他的軍隊也感染了鼠疫，本來就不怎么樣的戰斗力更是讓人捉急，根本不是清軍的對手，盡管后者的數量比他少得多。
闖王入京
那么問題來了，既然李自成的軍隊與清軍有過“親密接觸”，為什么清軍沒有感染鼠疫?難道滿人天生對鼠疫具有免疫力?當然不是這樣。
這個問題，曾經一度困擾了學術界很久，后來還是歐洲人幫忙揭開了這個謎。
眾所周知，早在十四世紀，歐洲就爆發了一場大鼠疫，導致兩千五百多萬人死亡，幸存者還留下了相關壁畫和文字，后來人們對那些壁畫和文字進行研究，發現那場鼠疫害死那么多人，卻單單放過了騎兵。
他們由此得出結論：鼠疫是經老鼠身上的跳蚤傳播的，而跳蚤討厭馬的氣味，所以騎兵很難被鼠疫傳染。
而當時的清軍，也主要由騎兵組成，所以有人推測，清軍之所以未被鼠疫傳染，也是因為這個原因。
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