目前有藥用記錄的藏藥達2294種。常用300多種，其中植物類200余種，占70%； 動物類40余種，占12%；礦物類40余種，占14%。常用藏藥中有三分之一用藥與中藥相同。藏區本地草藥占常用藏藥一半以上。

藏藥的使用主要有以下特點：

藏藥的使用和藏醫的理論體系是緊密結合的。藏醫將“龍”、“赤巴”、“培根”三因素所引起的疾病都歸結為“寒癥”、“熱癥”兩大類型，藏藥方劑亦按其性質將藥區分為“熱性”、“寒性”兩大性能。藏醫在治療“寒癥”時用“熱性”藥，治療“熱癥”時用“寒性”藥。

藏藥按性、味、效分類，按八性、六味、十七效來分細類。八性將藏藥分為輕、重、潤、糙、銳、鈍、涼、熱八種性質；六味將藏藥分為甘、酸、苦、辛、咸、澀六種味道。他們認為，甘可滋補，酸助消化，苦可降火利膽，辛能除濕去寒流，咸能溫胃去虛，澀可調合諸味；十七效將藏藥歸納出柔、重、溫、潤、穩、寒、鈍、涼、軟、稀、干、干枯、熱、輕、銳、糙、動等十七種效能。“龍”病中有一種病的性質屬“輕”，表現為心神不定，神情恍惚，藏醫則采用“重”效能的藥物去治療。余此類推。

藏藥治病多采用數藥合成，很少使有單方。許多藥方配藥都在25種以上，有的甚至高達七八十種、一百多種。如“罵奴稀湯”多達130味，“然納桑”配方多達70味。每個方劑的名稱大都是主藥加方藥總味數合成。如“然納桑培”中“然納”是珍珠，“桑培”是70，譯成漢語即“珍珠七十”。

藏藥在使用上大都有副品或代替品。為了解決珍貴藥源不足的問題，藏藥除本名正藥外，特規定了與此藥性質、類別相同、相近的副品或代用品。正品用"卻"注明，代替品用“慢恩巴”注明。

藏醫用藥講究調伏增效、適當配制，即各類藥物適配對治。根對治骨骼病，枝對治脈絡病，莖對治肌肉病，葉對治六腑病，葉液對治骨髓病，芽對治骨血精液病，花對治眼病，果實對治內臟病，尖對治頭部病，外皮即樹干下部之皮對治皮膚病，韌皮治筋病，樹脂對治四肢病。只有這樣，才能充分發揮藥物的性、味、效，才能更好地治療疾病。

藏醫非常重視藏藥的加工與炮制。《協據》記載，藏藥的采集加工應做到“適地采集，適時采集，干燥揀選，分清陳舊，炮制去毒，調伏增效，適當配制”等工序。藥物分別生長在雪山、高山、涼爽、溫暖、具有日月光華之力的地方，要采集色鮮味艷、沒有被蟲蛀咬，沒有被火燒焦，沒有被大自然損傷，沒有被陽光、陰影、水所害，適時穩固生長，根大而深，向陽生長的藥物。關于采集時節，藏醫認為，花蕾、莖枝在旺盛時采，根、種子在秋季挖，葉子在夏季采，花在初夏采，果實在秋天收，樹皮在冬春秋采集，樹脂在春秋采集。采集后的藥物通過炮制，不但能消除或降低毒性，而且可適當改變某些藥物的性能，借以提高藥物的療效。主要炮制的方法有三種：火制法、水制法和水火合制法。藏醫治病的劑型主要有散劑、水丸劑和湯劑、膏劑、脂劑五種。他們把制好的藥物按病人癥狀分別配制成散劑、丸劑、膏劑、脂劑，讓病人服用，非常方便。

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