自8世紀藏醫名著《四部醫典》至17世紀藏藥名著《晶珠本草》的千余年中，藏醫藥著作百余部，在藥物分類上均沿于《四部醫典》的分類體系，只是繁簡不一，諸家各有不同。

《協據》中分為珍寶類、土類、石類、樹類、汁液精華類、濕生草類、旱生草類、動物類等8類。鹽堿類藥物包含在土類藥物之中。沒有分作物類、水類、火類藥物。各類藥物又分成小類。珍寶類、土類、石類藥物逐種論述。樹類藥物分根、莖、干、枝、髓、皮、樹脂、葉、花、果等10類。汁液類藥物來自草、木、動物藥物。濕生草類分為根、蒂、葉、花、果5類。旱生草類藥物未分小類，論述時合在一起論述。動物藥分為角、骨、肉、肝、膽、脂、腦、皮、爪、毛、糞、尿、昆蟲、卵蛋等13類。

《寶堆》中分為樹類、旱生草類、土石類、珍寶類、水類、火類、果實類、動物類等8類。每類又分成小類。樹類藥物分為果、花、葉、花絲、皮、根、干、樹脂等8類。旱生草類藥物分為根、莖、葉、花、果5類。土石類藥物分為色、味、炮制等6類。珍寶藥物分為23種，歸并為君藥5種、臣藥5種、佐藥5種、珍寶8種。珍寶藥自身無分類，根據配伍來分。水類藥物分為15種，有時令水、地域水、泥塘水、泉水、井水、河水、疾病水、雨水、堿水、氣味水、臭水、藥水、草木水、蔭遮水、開水等。火類藥物分為11種，有時令火、地域火、年齡火、威義火、藥火、食火、運行火、佐火、疾病火、自然火、養育火等。作物種子類藥物和加工類藥物，即作物種子精華和糟粕類藥物，分為自然和加工炮制兩類。動物藥物分為16類，有毛、角、牙、舌、骨、血、肉、脂、髓、腦、膽、脾、尿、糞、皮、翎等。

讓鈞多吉在《藥性廣論》中將藥物分為珍寶、石、水、火、樹、汁液精華、草、動物的肉等8類。各類沒有分出小類。這類分法很多。

《晶珠本草》中分為13類，即珍寶類、石類、土糞、汁液精華類、樹類、敦布（濕生草）類、俄（旱生草）類、鹽堿類、動物類、作物類、水類、火類、膏汁類。

珍寶類藥物分為上品珍寶和普通珍寶。上品珍寶是永恒的大業福波所成的藥物。普通珍寶是暫時益身延壽的藥物，分不熔、可熔兩類。不熔性珍寶在火中燒也不熔化，如玉、珊瑚等。可熔性珍寶在火中燒時就熔化，如金、銀等。

石類藥物也分為不熔和可熔兩類。可熔性百類藥物如銀礦石、銅礦石。不熔性石類藥物如赭石、赤石脂等。

土類藥物分為自然和加工炮制兩類。自然土類藥物如紅土和禹糧土。加工炮制的土類藥物如加工干凈的硫磺等。

汁液精華藥物，在《協據》中和讓鈞多吉的著述中，除了一般論述外沒有詳細分類。在《寶堆》中，關于樹、旱生草、土石、珍寶、水、火、作物果實、動物等精華歌訣很多，但這里只論述來自樹、旱生草、動物、石四者的精華類藥物。樹、汁液精華藥物，只論述了白檀、紫檀的樹干；訶子等果實；木棉花和薔薇花；秦皮和桂皮，黑白安息香樹脂。枝是沒有高大干的枝條，如吉娘察、小米辣、木通等。《續》中雖然談到了根，但在實踐中，百種配方里只說到了檗根。濕生草類，是根部肥大、莖葉每年生長如樹，而冬天除根外莖葉枯死，每年輪換的草類，如木香和大黃等。《協據》中說："濕生草類藥物主藥為獐牙菜、哇夏嘎、旱生草類是根細小的草類。采集時有的要根、葉、花、果四樣分別采集，有的則一起采集，有的只采莖、花、果，有的則采全草。

鹽堿類藥物是由天然土、石、水形成的。分水生和石生兩類。在使用上又分天然品、配伍品、加工炮制品三類。

動物藥根據入藥部位分28類。即角、眼、喉頭、舌、齒、心、肺、肝、膽、脾、胃、腸、生殖器、骨、骨髓、腦、脂、血、肉、皮、毛、翎、爪、胃中食糜、糞、小便、乳、昆蟲等。

樹類藥分果實、花、葉、皮、根、樹干、樹枝、樹脂8類。

濕生草類分根、葉、花、果和全草。

旱生草類分根、莖、葉、花、果和全草。

作物類分芒類（稻、谷、麥、青稞）、豆類、蔬菜和加工品（酒、酒曲、油渣）。

水類藥物分飲用水、藥用水、礦泉水3類。

火類藥物分火成藥和火灸等11種。

炮制類藥物分熱制與涼制兩類共56種。

以上是歷代藏醫藥著作中對藥物分類方法的概況簡敘。

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