周東浩
編者按
科學(xue)技術的(de)進(jin)步(bu)和(he)醫(yi)(yi)學(xue)思(si)維模(mo)式的(de)創新(xin)，促使人(ren)們(men)對疾病(bing)的(de)發(fa)(fa)生(sheng)(sheng)、發(fa)(fa)展規律有了(le)更加深(shen)入的(de)認識。系(xi)統(tong)醫(yi)(yi)學(xue)是(shi)一種新(xin)的(de)醫(yi)(yi)學(xue)思(si)維模(mo)式，它將無數(shu)看似紛繁復雜的(de)醫(yi)(yi)學(xue)數(shu)據、資源(yuan)和(he)信息(xi)加以整(zheng)合(he)，并予(yu)以充分拓展和(he)合(he)理應用。近(jin)年來，系(xi)統(tong)醫(yi)(yi)學(xue)得到了(le)迅(xun)猛的(de)發(fa)(fa)展，如美國國立衛生(sheng)(sheng)研究(jiu)院（NIH）制定了(le)通向(xiang)醫(yi)(yi)學(xue)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)學(xue)未來的(de)NIH研究(jiu)路線圖（NIH roadmap），強調未來的(de)主(zhu)要目標是(shi)進(jin)行復雜生(sheng)(sheng)命系(xi)統(tong)的(de)“大科學(xue)”系(xi)統(tong)研究(jiu)。本報在此刊登(deng)周東浩的(de)文章，以讓讀者進(jin)一步(bu)了(le)解系(xi)統(tong)醫(yi)(yi)學(xue)和(he)系(xi)統(tong)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)學(xue)。
隨著還原論的(de)(de)(de)(de)現(xian)代(dai)醫(yi)學(xue)從器(qi)官、細(xi)胞、基因乃至分子一步步解析研(yan)究的(de)(de)(de)(de)深入，20世(shi)紀的(de)(de)(de)(de)生物學(xue)也經(jing)歷了(le)從宏觀到(dao)(dao)微(wei)觀的(de)(de)(de)(de)不(bu)斷發(fa)展過程。然而(er)人(ren)們在(zai)為(wei)醫(yi)學(xue)科技飛(fei)速(su)發(fa)展取得的(de)(de)(de)(de)成就不(bu)斷感到(dao)(dao)歡欣鼓(gu)舞的(de)(de)(de)(de)同(tong)時，面對(dui)海(hai)量的(de)(de)(de)(de)研(yan)究數據(ju)以及現(xian)代(dai)醫(yi)學(xue)的(de)(de)(de)(de)實(shi)際困境(jing)，迷惑和疑問也與日俱增——人(ren)們曾經(jing)寄予厚望的(de)(de)(de)(de)基因研(yan)究并沒有能(neng)夠真正解開(kai)疾(ji)病的(de)(de)(de)(de)奧秘(mi)，分析和還原的(de)(de)(de)(de)研(yan)究思路正在(zai)受(shou)到(dao)(dao)越(yue)來越(yue)多的(de)(de)(de)(de)質疑。此時，系統生物學(xue)作為(wei)對(dui)現(xian)代(dai)還原的(de)(de)(de)(de)一個“反(fan)動(dong)”誕生了(le)，很快受(shou)到(dao)(dao)了(le)各國科學(xue)家的(de)(de)(de)(de)重視，成為(wei)目前(qian)西醫(yi)的(de)(de)(de)(de)一個前(qian)沿學(xue)科。
本文通過(guo)討(tao)論系(xi)統(tong)生物學和筆者(zhe)所倡導的系(xi)統(tong)醫學的區(qu)別，以求(qiu)對系(xi)統(tong)醫學的概念和方法、內(nei)容能(neng)有更加確切了解。
“從下到上”的系統生物學和“從上到下”的系統醫學
系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)醫(yi)學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)和(he)(he)(he)系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)雖(sui)然都(dou)是(shi)以(yi)系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)命名的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)，都(dou)以(yi)系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)論的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)原(yuan)(yuan)(yuan)(yuan)則(ze)方(fang)法(fa)為(wei)指導，但兩者卻也(ye)存(cun)在(zai)著(zhu)明顯的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)區別(bie)，根據系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)創始人(ren)(ren)胡德的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)定義(yi)，系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)是(shi)研(yan)(yan)(yan)究一個(ge)(ge)(ge)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)中(zhong)(zhong)所(suo)有(you)組(zu)(zu)成(cheng)成(cheng)分（基因(yin)(yin)、mRNA、蛋白(bai)質(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)等）的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)構成(cheng)，以(yi)及在(zai)特定條件下(xia)這(zhe)些(xie)(xie)組(zu)(zu)分間(jian)(jian)(jian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)相互關系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)科。也(ye)就(jiu)(jiu)是(shi)說(shuo)(shuo)，系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)不(bu)(bu)(bu)同(tong)于以(yi)往(wang)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)還(huan)(huan)原(yuan)(yuan)(yuan)(yuan)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)——僅關心個(ge)(ge)(ge)別(bie)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)基因(yin)(yin)和(he)(he)(he)蛋白(bai)質(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)，它(ta)更加關注(zhu)(zhu)(zhu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)是(shi)基因(yin)(yin)和(he)(he)(he)基因(yin)(yin)之(zhi)間(jian)(jian)(jian)、基因(yin)(yin)和(he)(he)(he)蛋白(bai)質(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)之(zhi)間(jian)(jian)(jian)以(yi)及蛋白(bai)質(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)和(he)(he)(he)蛋白(bai)質(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)之(zhi)間(jian)(jian)(jian)等要(yao)(yao)素之(zhi)間(jian)(jian)(jian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)相互關系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)，試圖(tu)從(cong)相互關系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)著(zhu)手，通過(guo)計(ji)算(suan)機仿真，建立起(qi)從(cong)分子到細胞、器官，進(jin)而(er)(er)(er)到生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)體(ti)(ti)水(shui)平(ping)(ping)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)堅(jian)實知識(shi)結(jie)構，從(cong)而(er)(er)(er)理(li)解生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)整體(ti)(ti)性質(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)，也(ye)就(jiu)(jiu)是(shi)說(shuo)(shuo)，系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)與以(yi)前(qian)還(huan)(huan)原(yuan)(yuan)(yuan)(yuan)醫(yi)學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)過(guo)分重視要(yao)(yao)素的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)實體(ti)(ti)中(zhong)(zhong)心論不(bu)(bu)(bu)同(tong)，它(ta)更重視關系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)，強調(diao)研(yan)(yan)(yan)究要(yao)(yao)素和(he)(he)(he)要(yao)(yao)素之(zhi)間(jian)(jian)(jian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)關系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)——系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)聯(lian)系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)性原(yuan)(yuan)(yuan)(yuan)理(li)是(shi)它(ta)建構的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)哲學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)基礎，但它(ta)走(zou)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)是(shi)從(cong)部(bu)分到整體(ti)(ti)、從(cong)下(xia)向(xiang)上(shang)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)認識(shi)道(dao)路。系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)醫(yi)學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)與此恰巧相反，系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)醫(yi)學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)強調(diao)把注(zhu)(zhu)(zhu)意(yi)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)中(zhong)(zhong)心放在(zai)系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)整體(ti)(ti)水(shui)平(ping)(ping)，以(yi)“人(ren)(ren)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)健康和(he)(he)(he)疾(ji)病”作(zuo)為(wei)全部(bu)思考的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)立足(zu)點(dian)(dian)和(he)(he)(he)觀察的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)著(zhu)眼(yan)點(dian)(dian)，注(zhu)(zhu)(zhu)意(yi)研(yan)(yan)(yan)究系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)存(cun)在(zai)于整體(ti)(ti)水(shui)平(ping)(ping)而(er)(er)(er)不(bu)(bu)(bu)是(shi)組(zu)(zu)成(cheng)這(zhe)個(ge)(ge)(ge)系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)諸要(yao)(yao)素水(shui)平(ping)(ping)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)屬性、功能、行為(wei)及其(qi)變化(hua)規律(lv)，從(cong)“系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)”這(zhe)個(ge)(ge)(ge)層次(ci)(ci)出發，向(xiang)下(xia)考察整體(ti)(ti)變化(hua)時部(bu)分是(shi)如何(he)變化(hua)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)，分析(xi)要(yao)(yao)素（器官、細胞、分子等）是(shi)否(fou)(fou)正常(chang)，要(yao)(yao)素之(zhi)間(jian)(jian)(jian)、要(yao)(yao)素和(he)(he)(he)整體(ti)(ti)之(zhi)間(jian)(jian)(jian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)關系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)是(shi)否(fou)(fou)正常(chang)，向(xiang)上(shang)考察系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)和(he)(he)(he)環境的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)關系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)是(shi)否(fou)(fou)正常(chang)，全面衡量和(he)(he)(he)評價這(zhe)些(xie)(xie)因(yin)(yin)素在(zai)影響系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)整體(ti)(ti)變化(hua)中(zhong)(zhong)所(suo)起(qi)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)作(zuo)用和(he)(he)(he)地位，從(cong)中(zhong)(zhong)找出系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)整體(ti)(ti)變化(hua)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)原(yuan)(yuan)(yuan)(yuan)因(yin)(yin)和(he)(he)(he)影響因(yin)(yin)素，并判斷這(zhe)些(xie)(xie)原(yuan)(yuan)(yuan)(yuan)因(yin)(yin)和(he)(he)(he)影響因(yin)(yin)素哪(na)些(xie)(xie)是(shi)可以(yi)改(gai)(gai)變的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)，哪(na)些(xie)(xie)是(shi)不(bu)(bu)(bu)能改(gai)(gai)變的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)或者難以(yi)改(gai)(gai)變的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)，哪(na)些(xie)(xie)是(shi)主要(yao)(yao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)、根本性的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)，哪(na)些(xie)(xie)是(shi)次(ci)(ci)要(yao)(yao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)、輔(fu)助性的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)，從(cong)而(er)(er)(er)選擇合(he)適(shi)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)治療(liao)方(fang)案。從(cong)系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)和(he)(he)(he)要(yao)(yao)素的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)關系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)上(shang)來說(shuo)(shuo)，系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)醫(yi)學(xue)(xue)(xue)(xue)(xue)是(shi)走(zou)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)從(cong)上(shang)向(xiang)下(xia)、從(cong)整體(ti)(ti)來認識(shi)部(bu)分的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)研(yan)(yan)(yan)究道(dao)路。（注(zhu)(zhu)(zhu)：所(suo)謂的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)整體(ti)(ti)依所(suo)研(yan)(yan)(yan)究的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)不(bu)(bu)(bu)同(tong)而(er)(er)(er)有(you)不(bu)(bu)(bu)同(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)含義(yi)，并不(bu)(bu)(bu)都(dou)是(shi)指的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)人(ren)(ren)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)整體(ti)(ti)水(shui)平(ping)(ping)上(shang)，但從(cong)大多(duo)數意(yi)義(yi)上(shang)說(shuo)(shuo)，還(huan)(huan)是(shi)指的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)“人(ren)(ren)”這(zhe)個(ge)(ge)(ge)系(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)整體(ti)(ti)）。
系統(tong)生(sheng)物學研(yan)究(jiu)(jiu)各個要素怎么(me)通過相互(hu)(hu)(hu)作(zuo)用(yong)(yong)體現整(zheng)(zheng)體性，這要求我(wo)們(men)對(dui)(dui)每(mei)一種相互(hu)(hu)(hu)作(zuo)用(yong)(yong)都有(you)比(bi)較深切的(de)(de)(de)了(le)解，差之毫(hao)厘，就(jiu)可能謬以千里。雖(sui)然(ran)系統(tong)生(sheng)物學企圖通過理論建模(mo)來(lai)彌補這一點(dian)，但依然(ran)存(cun)在著難(nan)以克服的(de)(de)(de)深刻困難(nan)，系統(tong)醫學則聰明地避開了(le)這一點(dian)，直接研(yan)究(jiu)(jiu)系統(tong)的(de)(de)(de)整(zheng)(zheng)體層次有(you)什么(me)樣的(de)(de)(de)變化規律(lv)，從整(zheng)(zheng)體出(chu)發去探討各個部(bu)分的(de)(de)(de)變化。這并(bing)不要求研(yan)究(jiu)(jiu)者對(dui)(dui)每(mei)一種相互(hu)(hu)(hu)作(zuo)用(yong)(yong)都掌(zhang)握(wo)，只需要注意把(ba)握(wo)對(dui)(dui)整(zheng)(zheng)體變化最有(you)意義(yi)的(de)(de)(de)那一部(bu)分，事(shi)實上(shang)大部(bu)分相互(hu)(hu)(hu)作(zuo)用(yong)(yong)反而是可以忽略的(de)(de)(de)，系統(tong)醫學明智地把(ba)相互(hu)(hu)(hu)作(zuo)用(yong)(yong)研(yan)究(jiu)(jiu)的(de)(de)(de)重點(dian)放在了(le)系統(tong)的(de)(de)(de)整(zheng)(zheng)體變化及其調控上(shang)，省略了(le)相互(hu)(hu)(hu)作(zuo)用(yong)(yong)的(de)(de)(de)細節，這就(jiu)大大簡化了(le)研(yan)究(jiu)(jiu)過程，也降低了(le)研(yan)究(jiu)(jiu)難(nan)度(du)。
研究方法的不同
系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)生(sheng)物(wu)(wu)學(xue)由于采取了(le)從(cong)下向(xiang)上(shang)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)道路，即(ji)使在所要(yao)(yao)(yao)研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)各部(bu)分(fen)聯(lian)(lian)系(xi)(xi)(xi)(xi)已經基(ji)本清(qing)楚的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)情況下，海量數據的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)處理也(ye)是個(ge)(ge)難(nan)題。對(dui)(dui)此，系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)生(sheng)物(wu)(wu)學(xue)采取了(le)理論假(jia)設(she)(she)和(he)計(ji)(ji)算(suan)(suan)機仿真的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)方(fang)法(fa)，但由于生(sheng)物(wu)(wu)系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)極(ji)(ji)端(duan)復(fu)雜性，這(zhe)種(zhong)方(fang)法(fa)實(shi)(shi)行(xing)起來(lai)存(cun)在著極(ji)(ji)大的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)困難(nan)，對(dui)(dui)研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)條(tiao)(tiao)件(jian)要(yao)(yao)(yao)求(qiu)也(ye)相當高。據預(yu)測(ce)，系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)生(sheng)物(wu)(wu)學(xue)研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)對(dui)(dui)計(ji)(ji)算(suan)(suan)機的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)要(yao)(yao)(yao)求(qiu)高達(da)1000萬億次浮點(dian)運算(suan)(suan)速度。系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)醫(yi)學(xue)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)方(fang)法(fa)不(bu)是這(zhe)樣(yang)，系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)醫(yi)學(xue)研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)方(fang)法(fa)主要(yao)(yao)(yao)是系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)辨識(shi)(shi)，實(shi)(shi)踐(jian)驗(yan)(yan)證(zheng)(zheng)，講究(jiu)(jiu)動態分(fen)析，穩態調節，整體最(zui)佳。所謂(wei)系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)辨識(shi)(shi)，就(jiu)(jiu)是對(dui)(dui)所研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)進行(xing)全(quan)面(mian)和(he)動態的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)觀(guan)察(cha)和(he)分(fen)析，并根據已有的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)醫(yi)學(xue)知識(shi)(shi)進行(xing)推理，從(cong)而(er)(er)(er)對(dui)(dui)系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)狀態和(he)發展形成假(jia)設(she)(she)和(he)判斷(duan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)過程。這(zhe)些(xie)判斷(duan)如果經得起反復(fu)實(shi)(shi)踐(jian)（其中(zhong)(zhong)包(bao)括實(shi)(shi)驗(yan)(yan)）的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)驗(yan)(yan)證(zheng)(zheng)，就(jiu)(jiu)上(shang)升為理論，理論再進一步指導實(shi)(shi)踐(jian)。系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)醫(yi)學(xue)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)知識(shi)(shi)就(jiu)(jiu)這(zhe)樣(yang)滾雪(xue)球似地逐步積累(lei)起來(lai)，所以(yi)說(shuo)系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)醫(yi)學(xue)是和(he)臨床(chuang)實(shi)(shi)踐(jian)緊密聯(lian)(lian)系(xi)(xi)(xi)(xi)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)一門學(xue)科，相對(dui)(dui)系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)生(sheng)物(wu)(wu)學(xue)和(he)還原醫(yi)學(xue)對(dui)(dui)研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)條(tiao)(tiao)件(jian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)高要(yao)(yao)(yao)求(qiu)而(er)(er)(er)言，它對(dui)(dui)研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)基(ji)本條(tiao)(tiao)件(jian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)要(yao)(yao)(yao)求(qiu)很低，研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)者可(ke)以(yi)根據自(zi)己(ji)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)條(tiao)(tiao)件(jian)來(lai)確定研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)內容，沒有太(tai)多條(tiao)(tiao)件(jian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)可(ke)以(yi)研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)人體系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)整體層(ceng)次變(bian)(bian)(bian)化的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)規(gui)律，有很好設(she)(she)備的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)可(ke)以(yi)研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)細(xi)胞或(huo)者分(fen)子(zi)層(ceng)次系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)變(bian)(bian)(bian)化的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)規(gui)律。但研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)要(yao)(yao)(yao)具有系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)論的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)頭腦，研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)所揭(jie)示的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)應該(gai)是紛繁(fan)復(fu)雜的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)現象(xiang)背后(hou)切實(shi)(shi)存(cun)在的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)聯(lian)(lian)系(xi)(xi)(xi)(xi)，這(zhe)樣(yang)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)研(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)(yan)究(jiu)(jiu)才有價值。系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)醫(yi)學(xue)強調仔細(xi)而(er)(er)(er)縝密的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)臨床(chuang)觀(guan)察(cha)，全(quan)面(mian)而(er)(er)(er)認(ren)真的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)資料(liao)收集，系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)論指導下的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)合(he)理推理，大膽假(jia)設(she)(she)，小心求(qiu)證(zheng)(zheng)，并不(bu)是說(shuo)這(zhe)種(zhong)觀(guan)察(cha)就(jiu)(jiu)只局限于整體水平上(shang)，而(er)(er)(er)是包(bao)括可(ke)能與系(xi)(xi)(xi)(xi)統(tong)(tong)(tong)(tong)(tong)變(bian)(bian)(bian)化有關的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)各個(ge)(ge)層(ceng)次的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)有價值的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)東西。例如血常規(gui)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)變(bian)(bian)(bian)化也(ye)應該(gai)是觀(guan)察(cha)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)一部(bu)分(fen)，只是它所反映的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)是血中(zhong)(zhong)細(xi)胞的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)變(bian)(bian)(bian)化而(er)(er)(er)已。
系(xi)(xi)統(tong)(tong)醫學(xue)(xue)雖然(ran)更重(zhong)視(shi)系(xi)(xi)統(tong)(tong)觀察，但也注意實(shi)(shi)(shi)驗(yan)(yan)研究方(fang)法的(de)(de)(de)(de)合理(li)應(ying)用(yong)，強調(diao)在(zai)系(xi)(xi)統(tong)(tong)論指(zhi)導下進行實(shi)(shi)(shi)驗(yan)(yan)設計(ji)。因為符(fu)合事實(shi)(shi)(shi)的(de)(de)(de)(de)好的(de)(de)(de)(de)實(shi)(shi)(shi)驗(yan)(yan)設計(ji)能使(shi)我們少(shao)走(zou)不少(shao)彎(wan)路，但反對(dui)過分的(de)(de)(de)(de)和(he)不切實(shi)(shi)(shi)際(ji)的(de)(de)(de)(de)實(shi)(shi)(shi)驗(yan)(yan)研究，尤其是要(yao)(yao)對(dui)現(xian)在(zai)還原醫學(xue)(xue)的(de)(de)(de)(de)動(dong)(dong)(dong)物(wu)(wu)實(shi)(shi)(shi)驗(yan)(yan)抱一種謹慎(shen)的(de)(de)(de)(de)態度。從系(xi)(xi)統(tong)(tong)論的(de)(de)(de)(de)原理(li)上(shang)講，人(ren)和(he)動(dong)(dong)(dong)物(wu)(wu)有(you)本質的(de)(de)(de)(de)差別(bie)(bie)，動(dong)(dong)(dong)物(wu)(wu)實(shi)(shi)(shi)驗(yan)(yan)的(de)(de)(de)(de)結(jie)果不能等同于人(ren)本身這個系(xi)(xi)統(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)情(qing)形，系(xi)(xi)統(tong)(tong)醫學(xue)(xue)認為：系(xi)(xi)統(tong)(tong)辨識遠比動(dong)(dong)(dong)物(wu)(wu)實(shi)(shi)(shi)驗(yan)(yan)要(yao)(yao)重(zhong)要(yao)(yao)得多，動(dong)(dong)(dong)物(wu)(wu)實(shi)(shi)(shi)驗(yan)(yan)只是在(zai)某些(xie)情(qing)況下是有(you)益的(de)(de)(de)(de)，并且對(dui)動(dong)(dong)(dong)物(wu)(wu)實(shi)(shi)(shi)驗(yan)(yan)的(de)(de)(de)(de)結(jie)果也應(ying)該審(shen)慎(shen)地對(dui)待并進行更進一步的(de)(de)(de)(de)鑒別(bie)(bie)、評價，以判斷(duan)是否和(he)人(ren)這個系(xi)(xi)統(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)真正情(qing)形相符(fu)。
研究層次的不同
系(xi)統(tong)(tong)生(sheng)物學雖然(ran)號(hao)稱要通過研(yan)究(jiu)(jiu)相互作用闡明分子、細(xi)胞、器(qi)官乃至(zhi)整體各層(ceng)(ceng)(ceng)次(ci)(ci)(ci)的(de)(de)(de)性質，但由于(yu)研(yan)究(jiu)(jiu)方(fang)(fang)法(fa)的(de)(de)(de)限制，目前系(xi)統(tong)(tong)生(sheng)物學只能選擇一(yi)(yi)些比較(jiao)簡單的(de)(de)(de)系(xi)統(tong)(tong)研(yan)究(jiu)(jiu)，研(yan)究(jiu)(jiu)層(ceng)(ceng)(ceng)次(ci)(ci)(ci)比較(jiao)集中在(zai)(zai)(zai)基因、蛋白質這(zhe)些比較(jiao)低的(de)(de)(de)層(ceng)(ceng)(ceng)次(ci)(ci)(ci)。即使僅(jin)僅(jin)在(zai)(zai)(zai)這(zhe)一(yi)(yi)層(ceng)(ceng)(ceng)次(ci)(ci)(ci)，它也(ye)遭遇了巨(ju)大的(de)(de)(de)難以(yi)克服的(de)(de)(de)困難，人(ren)系(xi)統(tong)(tong)整體性能的(de)(de)(de)闡明對它來(lai)說還是遙不可及的(de)(de)(de)未來(lai)。系(xi)統(tong)(tong)醫(yi)學直接研(yan)究(jiu)(jiu)人(ren)的(de)(de)(de)整體層(ceng)(ceng)(ceng)次(ci)(ci)(ci)的(de)(de)(de)變(bian)化，研(yan)究(jiu)(jiu)人(ren)整體層(ceng)(ceng)(ceng)次(ci)(ci)(ci)和其他(ta)諸層(ceng)(ceng)(ceng)次(ci)(ci)(ci)變(bian)化的(de)(de)(de)關系(xi)，同時由于(yu)是以(yi)醫(yi)學為目的(de)(de)(de)，系(xi)統(tong)(tong)醫(yi)學又著重探討人(ren)的(de)(de)(de)疾病和健康的(de)(de)(de)變(bian)化規(gui)律，研(yan)究(jiu)(jiu)祛(qu)除疾病和維護(hu)健康的(de)(de)(de)方(fang)(fang)法(fa)，更側重于(yu)醫(yi)學這(zhe)一(yi)(yi)方(fang)(fang)面的(de)(de)(de)內(nei)容，這(zhe)和系(xi)統(tong)(tong)生(sheng)物學也(ye)不大相同。在(zai)(zai)(zai)系(xi)統(tong)(tong)整體層(ceng)(ceng)(ceng)次(ci)(ci)(ci)系(xi)統(tong)(tong)辨(bian)識具有(you)更高(gao)的(de)(de)(de)價值(zhi)，但在(zai)(zai)(zai)微觀領域，在(zai)(zai)(zai)系(xi)統(tong)(tong)辨(bian)識受到很(hen)大限制的(de)(de)(de)地方(fang)(fang)，系(xi)統(tong)(tong)生(sheng)物學的(de)(de)(de)方(fang)(fang)法(fa)可能更加可行。
理論來源的不同
從理(li)論來源(yuan)來說(shuo)，系(xi)統(tong)(tong)(tong)生物學(xue)更多的繼承了(le)分(fen)(fen)子(zi)生物學(xue)和基(ji)因研(yan)究(jiu)的成(cheng)果(guo)，功能(neng)基(ji)因組學(xue)、蛋白質組學(xue)等(deng)可(ke)以說(shuo)是它(ta)的前身。同時系(xi)統(tong)(tong)(tong)生物學(xue)還(huan)借鑒了(le)計算機科學(xue)和系(xi)統(tong)(tong)(tong)論研(yan)究(jiu)的一(yi)些知識，從而確立了(le)從部(bu)分(fen)(fen)的相互關系(xi)探討整(zheng)體性質的方(fang)向，研(yan)究(jiu)的重點從分(fen)(fen)析走向了(le)整(zheng)合(he)，從實體走向了(le)關系(xi)。從方(fang)法論上說(shuo)，系(xi)統(tong)(tong)(tong)是對還(huan)原的一(yi)個(ge)反動，但從理(li)論淵源(yuan)上說(shuo)，系(xi)統(tong)(tong)(tong)生物學(xue)則是現代西方(fang)還(huan)原醫(yi)學(xue)的一(yi)個(ge)必然的發展。
系(xi)(xi)統(tong)醫(yi)(yi)(yi)學則不同(tong)，系(xi)(xi)統(tong)醫(yi)(yi)(yi)學雖然(ran)也注意(yi)吸收現代西醫(yi)(yi)(yi)的一些合(he)理(li)(li)的營(ying)養，但(dan)它更(geng)多(duo)是(shi)接受(shou)了(le)中(zhong)國傳(chuan)(chuan)統(tong)醫(yi)(yi)(yi)學的哺(bu)育(yu)，它是(shi)對(dui)中(zhong)國傳(chuan)(chuan)統(tong)醫(yi)(yi)(yi)學進(jin)行(xing)適(shi)當(dang)的揚棄后(hou)取得的，它的理(li)(li)論(lun)體系(xi)(xi)、研究方法等等將更(geng)多(duo)地打上(shang)中(zhong)國傳(chuan)(chuan)統(tong)醫(yi)(yi)(yi)學的烙印！
總之，無論(lun)是(shi)從(cong)(cong)研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)方向(xiang)、研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)方法、研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)層(ceng)次還是(shi)理論(lun)淵源上，系(xi)統(tong)生物學(xue)和系(xi)統(tong)醫學(xue)都(dou)有著巨(ju)大的(de)(de)(de)(de)不(bu)同，兩者(zhe)理論(lun)和實(shi)踐的(de)(de)(de)(de)裂痕是(shi)明白可(ke)見(jian)的(de)(de)(de)(de)，未來(lai)兩者(zhe)應該會走向(xiang)融合，但(dan)目(mu)前不(bu)會。從(cong)(cong)研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)的(de)(de)(de)(de)可(ke)行性(xing)上說，系(xi)統(tong)醫學(xue)的(de)(de)(de)(de)成(cheng)功要(yao)比(bi)系(xi)統(tong)生物學(xue)容易得(de)多，系(xi)統(tong)生物學(xue)希(xi)望從(cong)(cong)部分的(de)(de)(de)(de)相互關(guan)系(xi)入手涌現整體性(xing)質的(de)(de)(de)(de)研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)思路，在(zai)筆者(zhe)看來(lai)存在(zai)巨(ju)大的(de)(de)(de)(de)方法陷阱，也許會在(zai)一定的(de)(de)(de)(de)范圍內(nei)取得(de)成(cheng)功，在(zai)更高的(de)(de)(de)(de)層(ceng)次上卻會陷入不(bu)可(ke)解決的(de)(de)(de)(de)矛(mao)盾。
有(you)(you)專(zhuan)家斷言：未(wei)來(lai)(lai)(lai)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)21世(shi)(shi)(shi)紀(ji)(ji)，將(jiang)(jiang)是(shi)(shi)(shi)“系(xi)統(tong)(tong)”的(de)(de)(de)(de)(de)(de)世(shi)(shi)(shi)紀(ji)(ji)！同(tong)(tong)樣(yang)，21世(shi)(shi)(shi)紀(ji)(ji)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)生命(ming)科學也將(jiang)(jiang)迎來(lai)(lai)(lai)系(xi)統(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)春天，系(xi)統(tong)(tong)生物學作為西醫(yi)(yi)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)一(yi)(yi)枝后起之秀，雖(sui)然它(ta)(ta)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)問(wen)世(shi)(shi)(shi)只有(you)(you)短(duan)短(duan)幾年時(shi)間(jian)，但(dan)(dan)它(ta)(ta)已經(jing)在世(shi)(shi)(shi)界(jie)各地發了芽，正在受到越來(lai)(lai)(lai)越多(duo)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)人(ren)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)重視。相對來(lai)(lai)(lai)說系(xi)統(tong)(tong)醫(yi)(yi)學更是(shi)(shi)(shi)新的(de)(de)(de)(de)(de)(de)，它(ta)(ta)只是(shi)(shi)(shi)一(yi)(yi)顆剛剛栽上的(de)(de)(de)(de)(de)(de)種子，但(dan)(dan)同(tong)(tong)時(shi)它(ta)(ta)又是(shi)(shi)(shi)最(zui)古老(lao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)，幾千年傳(chuan)(chuan)統(tong)(tong)醫(yi)(yi)學的(de)(de)(de)(de)(de)(de)積(ji)淀為它(ta)(ta)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)發展奠定了豐(feng)厚(hou)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)基礎。它(ta)(ta)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)傳(chuan)(chuan)播(bo)和(he)(he)接受會有(you)(you)一(yi)(yi)個過(guo)程(cheng)，這中間(jian)會有(you)(you)曲折和(he)(he)爭鳴，甚至會有(you)(you)倒(dao)退，但(dan)(dan)它(ta)(ta)前進的(de)(de)(de)(de)(de)(de)突破力(li)量是(shi)(shi)(shi)任誰(shui)也無法阻止的(de)(de)(de)(de)(de)(de)，它(ta)(ta)終(zhong)將(jiang)(jiang)會成為醫(yi)(yi)學未(wei)來(lai)(lai)(lai)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)主(zhu)流，它(ta)(ta)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)誕生和(he)(he)發展的(de)(de)(de)(de)(de)(de)過(guo)程(cheng)就是(shi)(shi)(shi)中醫(yi)(yi)鳳(feng)凰(huang)涅(nie)■的(de)(de)(de)(de)(de)(de)過(guo)程(cheng)，中醫(yi)(yi)將(jiang)(jiang)在此(ci)過(guo)程(cheng)中獲得新生，并(bing)最(zui)終(zhong)迎來(lai)(lai)(lai)瑰麗的(de)(de)(de)(de)(de)(de)中西醫(yi)(yi)學統(tong)(tong)一(yi)(yi)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)明天！
系(xi)統生(sheng)物(wu)學(xue)是(shi)(shi)研(yan)究(jiu)一個(ge)生(sheng)物(wu)系(xi)統中所(suo)有組成(cheng)成(cheng)分(fen)(fen)(fen)（基(ji)(ji)因、mRNA、蛋(dan)白質(zhi)(zhi)等）的(de)構(gou)成(cheng)，以(yi)及在(zai)特(te)定條件(jian)下這些組分(fen)(fen)(fen)間的(de)相互(hu)(hu)關系(xi)的(de)學(xue)科(ke)（注(zhu)，該定義在(zai)國際國內(nei)都引起異(yi)議，缺(que)乏系(xi)統論基(ji)(ji)礎）。也就是(shi)(shi)說(shuo)，系(xi)統生(sheng)物(wu)學(xue)不同于以(yi)往的(de)分(fen)(fen)(fen)子生(sheng)物(wu)學(xue)——僅關心個(ge)別的(de)基(ji)(ji)因和蛋(dan)白質(zhi)(zhi)，它(ta)要研(yan)究(jiu)所(suo)有的(de)基(ji)(ji)因、所(suo)有的(de)蛋(dan)白質(zhi)(zhi)、組分(fen)(fen)(fen)間的(de)所(suo)有相互(hu)(hu)關系(xi)。顯然，系(xi)統生(sheng)物(wu)學(xue)是(shi)(shi)以(yi)系(xi)統論、整體性研(yan)究(jiu)為特(te)征的(de)一種交叉科(ke)學(xue)。
20 世(shi)紀生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)學(xue)(xue)(xue)從宏觀(guan)到微觀(guan)進步巨大(da), 傳統(tong)(tong)的(de)(de)(de)分析還原的(de)(de)(de)研究方(fang)法(fa)受到質(zhi)(zhi)疑。在(zai)此背景下, 系(xi)統(tong)(tong)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)學(xue)(xue)(xue)是繼基因組(zu)學(xue)(xue)(xue)、蛋白(bai)質(zhi)(zhi)組(zu)學(xue)(xue)(xue)之后一門(men)新興的(de)(de)(de)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)學(xue)(xue)(xue)交叉學(xue)(xue)(xue)科。從系(xi)統(tong)(tong)角度來進行生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)學(xue)(xue)(xue)研究逐(zhu)步成為現代生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)學(xue)(xue)(xue)研究方(fang)法(fa)的(de)(de)(de)主(zhu)流。在(zai)研究上(shang), 了解(jie)一個復雜的(de)(de)(de)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)系(xi)統(tong)(tong)需要整合實驗和(he)計算(suan)方(fang)法(fa)、基因組(zu)學(xue)(xue)(xue)和(he)蛋白(bai)質(zhi)(zhi)組(zu)學(xue)(xue)(xue)中(zhong)的(de)(de)(de)高通(tong)量(liang)方(fang)法(fa)為系(xi)統(tong)(tong)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)學(xue)(xue)(xue)發展提供大(da)量(liang)的(de)(de)(de)數據, 計算(suan)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)學(xue)(xue)(xue)通(tong)過(guo)數據處理、模型構(gou)建和(he)理論分析, 成為系(xi)統(tong)(tong)生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)學(xue)(xue)(xue)發展的(de)(de)(de)一個必不(bu)可缺的(de)(de)(de)、強有力的(de)(de)(de)工具, 已(yi)經在(zai)諸多醫學(xue)(xue)(xue)前沿(yan)領(ling)域的(de)(de)(de)研究中(zhong)成為重要研究方(fang)法(fa)而被廣泛(fan)應用。
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