流行地區，好發季節，有虱寄生或人虱接觸史，結合患者急起發熱、頭痛、皮疹和中樞神經系統癥狀較為明顯與脾腫大，臨床要考慮本病；間接免疫熒光法和ELISA法檢查特異性IgM抗體有較高的靈敏度和特異性，有早期診斷價值并可以替代外斐反應。雙份血清IgG有4倍以上增高可確定診斷；單份血清間接免疫熒光抗體滴度≥1：128強烈提示診斷；這些試驗的特異性為100%。外斐反應敏感性和特異性不高。補體結合試驗缺乏足夠的敏感性和靈敏度。單份血清的IgG陽性僅提示既往感染過并持續存在的免疫狀態。雄性豚鼠接種和顯微鏡觀察檢查病原體的方法并不常用。
流行性斑疹傷寒需與以下疾病進行鑒別診斷：傷寒、鉤端螺旋體病、虱傳回歸熱、地方性斑疹傷寒及恙蟲熱、流腦、大葉性肺炎、成人麻疹及流行性出血熱等。
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