潛伏10～15天。大多數患者癥狀較輕或呈無癥狀的隱性感染，僅少數出現中樞神經系統癥狀，表現為高熱、意識障礙、驚厥等。典型病例的病程可分4個階段。
（一）初期：起病急，體溫急劇上升至39～40℃，伴頭痛、惡心和嘔吐，部分病人有嗜睡或精神倦怠，并有頸項輕度強直，病程1～3天。
（二）極期：體溫持續上升，可達40℃以上。初期癥狀逐漸加重，意識明顯障礙，由嗜睡、昏睡乃至昏迷，昏迷越深，持續時間越長，病情越嚴重。神志不清最早可發生在病程第1～2日，但多見于3～8日。重癥患者可出現全身抽搐、強直性痙攣或強直性癱瘓，少數也可軟癱。嚴重患者可因腦實質類（尤其是腦干病變）、缺氧、腦水腫、腦疝、顱內高壓、低血鈉性腦病等病變而出現中樞性呼吸衰竭，表現為呼吸節律不規則、雙吸氣、嘆息樣呼吸、呼吸暫停、潮式呼吸和下頜呼吸等，最后呼吸停止。體檢可發現腦膜刺激征，瞳孔對光反應遲鈍、消失或瞳孔散大，腹壁及提睪反射消失，深反向亢進，病理性錐體束征如巴氏征等可呈陽性。
（三）恢復期：極期過后體溫逐漸下降，精神、神經系統癥狀逐日好轉。重癥病人仍可留在神志遲鈍、癡呆、失語、吞咽困難、顏面癱瘓、四肢強直性痙攣或扭轉痙攣等，少數病人也可有軟癱。經過積極治療大多數癥狀可在半年內恢復。
（四）后遺癥：雖經積極治療，但發病半年后仍留有精神、神經系統癥狀者，稱為后遺癥。約5%～20%患者留有后遺癥，均見于高熱、昏迷、抽搐等重癥患者。后遺癥以失語、癱瘓和精神失常為最常見。失語大多可以恢復，肢體癱瘓也能恢復，但可因并發肺炎或褥瘡感染而死亡。精神失常多見于成人患者，也可逐漸恢復。
根據病情輕重，乙腦可分為四型。
1.輕型：患者的神志始終清醒，但有不同程度的嗜睡，一般無抽搐（個別兒童患者因高熱而驚厥）。體溫在38～39℃之間，多數在1周內恢復，往往依靠腦脊液和血清學檢查確診。
2.普通型：有意識障礙如昏睡或淺昏迷，腹壁射和提睪反射消失，可有短期的抽搐。體溫一般在40℃左右，病程約10天，無后遺癥。
3.重型：體溫持續在40℃以上，神志昏迷，并有反復或持續性抽搐。淺反射消失，深反射先消失后亢進，并有病理性反射。常有定位癥狀和體征。可出現中樞性呼吸衰竭。病程常在2周以上，恢復期往往有不同程度的精神異常和癱瘓等表現，部分病人留有后遺癥。
根據本型病變部位的不同和影響腦干情況，結合癥狀和體征以及有無呼吸衰竭，腦部病變定位可分為：
⑴腦干上位：病變累及大腦與間腦而未影響腦干，臨床上表現為淺昏迷，壓眶時出現假自主運動，或呈去皮層強直（上肢屈曲，下肢伸直）。眼球運動存在，早期瞳孔偏小或正常，頸皮膚刺激試驗時瞳孔散大，呼吸始終平穩。
⑵上腦干位：病變在中腦水平，表現為深昏迷，肌張力增高。壓眶時呈去腦強直（上、下肢伸直，上肢旋前現象），眼球運動差或固定，瞳孔中等放大，對光反應遲鈍或消失。呼吸呈中樞性過度換氣（鼻音明顯，有痰鳴、血pH上升，出現呼吸性堿中毒）。頸皮膚刺激試驗瞳孔尚能擴大，但反應遲鈍。
⑶下腦干位：病變相當于橋腦與延腦水平，表現為深度昏迷，壓眶無反應，肢體弛緩。角膜反應消失，瞳孔初縮小，后散大，對光反應消失，頸皮膚刺激試驗瞳孔不能擴大。呼吸可暫時平穩，鼾音消失，但可迅速出現中樞性呼吸衰竭。
⑷腦干位：本病是重型中一種特殊類型，高熱初期意識尚清楚，但多有嗜睡、嗆咳、吞咽困難等癥狀。呼吸淺速 ，飲水從鼻腔反流。咽喉部有分泌物，且在短期內迅速增多，以致出現喉頭梗塞癥狀，可迅速轉入昏迷并出現中樞性呼吸衰竭。
⑸顳葉鉤回疝：系由腦水腫所致。患者病情突變，由煩躁不安、嘔吐、頭痛等迅速轉入昏迷，或由淺昏迷急轉為深昏迷。除出現上述腦干壓迫癥狀外，瞳孔大小不等，病側瞳孔散大，對光反應消失，上眼瞼下垂，雙側肢體癱瘓，錐體束征陽性。
⑹枕骨大孔疝：由于腦水腫和顳葉鉤回疝，致腦干挫位，進而發生枕骨大孔疝。早期出現顱內壓增高癥狀，無瞳孔、呼吸等變化，可突然出現深昏迷。也可先出現面癱、耳聾、吞咽困難、繼之出現吞咽反射消失，雙側瞳孔散大，最后出現中樞性呼吸衰竭、呼吸暫停或驟停，脈搏減慢，血壓下降、心臟停搏。
4.暴發型：體溫迅速上升，呈高熱或過高熱，伴有反復或持續強烈抽搐，于1～2日內出現深昏迷，有瞳孔變化、腦疝和中樞性呼吸衰竭等表現，如不及時搶救，常因呼吸衰竭而死亡。幸存者都有嚴重后遺癥。
乙腦臨床表現以輕型和普通型為多，約占總病例數的2/3。流行初期重型較多，后期則以輕型居多。
流腦是腦膜炎雙球菌引起的腦脊髓膜的化膿性炎，以蛛網膜下腔形成膿液為特點。
乙腦是由乙型腦炎病毒引起的腦實質的變質性炎。主要累及中樞神經系統實質，尤以大腦皮質、基底核、間腦等部位病變最重要，脊髓病變最輕。光鏡下可見四種典型改變：腦血管的改變(袖管現象);神經細胞變性、壞死;篩狀軟化灶形成;膠質結節形成。
2.極期：病程第4～10天，上述癥狀加重。 （1）高熱：體溫高達40℃以上，持續4～10天，嚴重者可達3周。 （2）意識障礙：程度不等，可有嗜睡、譫妄、昏迷等，可發生于第1～2天，多發生于第3～8天，可持續一周左右，重者可長達4周以上。 （3）驚厥或抽搐：多見于病程第2～5天；可先有局部抽搐，繼之為肢體陣攣性抽搐，甚至全身抽搐，均伴有意識障礙。嚴重者可導致發紺、腦缺氧和腦水腫，深昏迷，甚至呼吸暫停。 （4）呼吸衰竭：多見于重癥患者，主要為中樞性呼吸衰竭，表現為呼吸節律不規則，最后呼吸停止。脊髓病變導致呼吸肌癱瘓，可發生周圍性呼吸衰竭，除呼吸異常外，出現腦疝，表現為意識障礙加重、瞳孔散大，對光放射消失，呼吸微弱不規則、脈緩，隨之呼吸心跳停止。 （5）其他神經系統表現：多在病程10日內出現，開始淺放射減弱或消失，腱反射先亢進后消失。出現病理性錐體征如巴氏征陽性、腦膜刺激征，大小便失禁或潴留，并可出現肌張力增高及肢體強直性癱瘓。 （6）循環衰竭：少見，常與呼吸衰竭同時出現。血壓下降、脈搏細數、休克和消化道出血
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